大化石的原巖,是形成于距今約2.4~2.6億年的上古生代二疊紀地層的石英巖和硅質巖。彼時的地質年代,大化縣區域內有著得天獨厚的地質條件,古地理環境為深海海相噴發沉積。沉積了二疊系地層,是一套硅質巖晚古生代基性火山巖,有一次噴發巖——具輝綠結構的玄武巖,又共生和伴生基性侵入巖——輝綠巖?;鹕絿姲l和侵入活動,對原巖硅質產生接觸變質作用,巖體有明顯的冷凝邊,同時火山巖使圍巖受接觸變質,常有硅化、黃鐵礦化、局部有大理巖化、角巖化、重結晶,蝕變帶厚薄不一,有的幾米,最厚達30多米,有的地方出現輝綠巖、玄武巖。特別是基性噴發巖使大化石原巖接觸變質,硅化、角巖化使巖石變得堅硬、致密,所以大化石質地優良。噴發熔液帶來大量不同的礦物質,多種礦物質在其后形成賞石過程中對巖石起著重要的致色作用,鐵離子致色使巖石呈現棕紅、褐棕、黃褐,銅離子及綠泥石化使巖石呈現淺綠色,其他礦物質如斜長石、輝石、橄欖石、角閃石、鈦鐵石、富鐵納長石、硅灰石、金紅石、白鈦石等,都起到致色作用。
大化石所在河段是巖灘電站壩址處,河床坡降大,水流急,波浪高,這一帶的接觸蝕變帶硅質巖是出露比較厚的地段。河兩岸高山是因硅化帶巖石堅硬、耐風化而形成的地貌形態。紅水河的切割,使原巖破碎后沖積于河床中,紅水河水流量大、高落差、水流急,加上河水中每年雨季都夾帶大量砂泥物質,沖積于河床中的破碎巖塊經受千萬年河水沖刷。再加上大化石組成的化學元素多樣性,硅質巖硅化過程中,有的形成石英巖,有的形成碧玉巖,有的形成硅化度很高的大理巖,它們都會受其結構或化學元素成分不同的影響。物理、化學性質不同,當然就有不同的結構、致密度和硬度。經過夾帶泥沙的河水的長期沖刷后就形成了各異的形態。易破碎及質軟的部分被沖碎刷凈,留下的是結構致密的巖石。長期的沖刷,使石膚光潔潤滑。
收藏:延安市·孫巖
收藏:柳州市·陶之白
收藏:南寧市·羅昆侖
另外,河水中溶解有多種礦物質,對石體表面起化學作用,俗稱“水鍍”。其實是礦物質起化學作用的結果,形成多彩的石膚,即多種礦物離子致色作用。在漫長的水鍍即礦化作用過程中,原巖成分不同,所處的地理位置不同,受水沖刷的差異,經水中礦物質的化學作用程度不同,則產生不同的色彩;加上巖石的結構、層理,原巖被溶解時難易的不同,以及其中的節理、微細孔不同,形成不同形態;微細節理和微細孔的深淺位置不同,而充填不同的礦物質,致色不同,又形成不同的花紋圖案。
這些獨特的地質、地理環境造就了色彩十分豐富、水洗度甚佳、石膚潤澤、珠光寶氣、形態奇特、石質優良、內涵豐富的大化石。