海帶種質資源遺傳多樣性的RAPD分析

李言 劉延嶺 崔翠菊 李曉捷 梁廣津 彭捷 田萍萍

（山東東方海洋科技股份有限公司 國家海藻與海參工程技術研究中心 山東省海藻遺傳育種與栽培技術重點實驗室，煙臺 264003）

海帶種質資源遺傳多樣性的RAPD分析

李言 劉延嶺 崔翠菊 李曉捷 梁廣津 彭捷 田萍萍

（山東東方海洋科技股份有限公司 國家海藻與海參工程技術研究中心 山東省海藻遺傳育種與栽培技術重點實驗室，煙臺 264003）

利用RAPD分子標記技術對種質庫中保存的19個海帶品種（系）的36個海帶配子體進行了遺傳多樣性分析。從100條引物中篩選出16條可擴增出清晰條帶的引物，在36個海帶配子體中共擴增出362條DNA條帶，其中多態性條帶比例達99.45%。遺傳相似性分析表明，這36個配子體之間的遺傳相似性范圍為0.682-0.978，以0.756為最低遺傳相似系數，可將36個種質材料分為6個大類，UPGMA聚類分析結果表明同一品系的雌雄配子體大部分能聚在一起，品系間遺傳多樣性較高。

海帶；配子體；RAPD；遺傳多樣性

海帶（Saccharina japonica）是一種大型經濟海藻，在醫藥、食品、化工等方面都有廣泛應用。在我國海水養殖業中占有重要地位。目前我國海帶栽培面積37 282 hm2，產量1 017 737 t，多年來一直位居世界首位［1］。

海帶的生活史由二倍體的孢子體和單倍體的配子體組成，孢子體和配子體交替出現，是典型的異型世代交替。方宗熙等［2］最早提出，通過分離雌、雄單個配子體細胞，在連續光照條件下，可只進行營養生長長成絲狀體，即無性繁殖系（也稱配子體克隆系），這為海帶配子體保種技術和配子體克隆育苗技術的發展奠定了基礎。海帶孢子體是人工栽培的對象，個體大，占生活史時間長。海帶的配子體為微小的絲狀體，是種質保存和人工培育苗種的對象［3］。20世紀50年代末以來，先后有20余個優良品種（系）應用于生產，豐富了我國海帶栽培產業對品種的要求，同時也帶動了相關產業的發展。利用配子體克隆雜交進行海帶新品種的培育可獲得具有雜種優勢雜交海帶，也可作為自交純化和定向選擇的基礎材料，“遠雜10號”、“901”海帶［4，5］、“榮?！焙В?］、“東方2號”［7］、“東方3號”［8］和“東方6號”［9］海帶都是利用配子體克隆雜交技術進行直接雜交或雜交后定向選育得到的海帶品種。雜交海帶培育是目前效率較高的一種海帶遺傳改良方法。

海帶配子體克隆是海帶種質資源的保存形式，也是海帶雜交育種育苗的材料。分離雌雄配子體進行海帶的種質保存可以長期保持其優良性狀和純度。對保存的配子體種質資源進行遺傳多樣性分析，了解不同品種（品系）間的親緣關系和遺傳關系，為海帶雜種優勢利用奠定基礎，也為雜交育種選材提供參考。近年來，SSR、AFLP、RAPD和ISSR等分子標記技術均已用于海帶的遺傳多樣性分析［10］。其中Li等［11］利用微衛星標記進行了配子體克隆親本遺傳相似性與子代性狀優勢表現之間的關系分析，建立了海帶雜交優勢預測體系，并在新品種培育中進行了應用。Zhang等［12］利用RAD技術對海帶配子體克隆群體進行測序，并利用得到的4 994個SNP標記構建了海帶的高密度遺傳圖譜，將海帶配子體性別性狀和SNP基因型一起做連鎖分析，將配子體性別性狀定位在第二連鎖群上。石媛嫄等［13］利用微衛星標記對海帶和長海帶配子體克隆遺傳資源在進行雜交后的親緣關系展開了分析和評價。Gu等［14］利用ISSR技術對榮福和901兩個海帶品種的配子體材料進行了遺傳變異分析，并開發了一個性別鑒定標記。Wang等［15］利用RAPD技術建立了33個海帶配子體的指紋圖譜。Wang等［16］利用ISSR技術對20個海帶配子體進行了遺傳多樣性分析。Shi等［17］利用ITS序列和RAPD技術對16個海帶配子體進行了遺傳關系研究。Bi等［18］利用RAPD技術對采自北方海區（大連、煙臺、威海和青島）的不同海帶孢子體群體進行了遺傳變異性分析。

本研究利用RAPD分子標記，對種質庫中保存的我國海帶栽培品種（品系）中選育出的海帶種質進行遺傳多樣性分析，以期為海帶種質評價奠定基礎，并為海帶配子體克隆新品種培育時親本的選擇提供指導，加快海帶品種改良進程。

1 材料與方法

1.1 材料

選取的36個海帶配子體材料分屬于19個海帶品種（品系），同一品種的雌雄配子體分別以f、m表示，這些配子體均從其品種（品系）培育完成時性狀整齊、優勢明顯的當代孢子體中采集，保存在國家海藻與海參工程技術研究中心海藻種質庫，親本形態等信息詳見表1。

1.2 方法

1.2.1 DNA提取 選取生長狀態良好的海帶配子體克隆，取0.1 g濕重的材料，采用改進的CTAB法提取配子體基因組DNA［19］，用紫外分光光度計和瓊脂糖凝膠電泳檢測所提DNA的濃度和純度。不同樣品的DNA濃度統一稀釋為40 ng/μL。-20℃保存備用。

1.2.2 RAPD引物的選擇和PCR反應參數 從候選的100條引物中篩選出16條能夠獲得清晰條帶、重復性好的引物，篩選出的引物見表2。

RAPD-PCR反應總體積為該體系（20 μL）為：1×PCR buffer，1.0 mmol/L Mg2+，0.2 mmol/L dNTPs，2.0 μmol/L 引物，40 ng 模板DNA，0.25 U Taq DNA 聚合酶（Promega）。

擴增PCR程序為：95℃預變性5 min；95℃變性30 s，37℃退火1 min，72℃延伸2 min，共40個循環；最后72℃延伸10 min。取5 μL擴增產物在1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測。Tanon 2500凝膠成像儀拍照記錄電泳結果。

1.2.3 數據分析 電泳圖譜的每一條帶為一個標記，代表一個引物的結合位點。根據各個分子標記的遷移率及其有無來統計數據，若有條帶出現記作1，若無條帶出現記作0。應用excel建立各引物的0、1數據庫。各引物的條帶多態性比例計算方法：多態位點比例P=（多態位點數/位點總數）×100%。用NTSYS2.10軟件計算遺傳相似性系數，采用UPGMA方法進行聚類分析。

2 結果

2.1 DNA提取結果

提取的海帶配子體DNA紫外分光光度計測定的A260/A280比值在1.9左右，濃度約為50-100 ng/μL，瓊脂糖電泳檢測條帶整齊，無降解和雜質污染（圖

1），可滿足實驗需要。

表1 實驗中用到的海帶配子體

表2 選用的RAPD引物和擴增多態性信息

2.2 RAPD擴增結果多態性分析

16個RAPD引物對36個海帶種質材料進行分析，共擴增得到362條清晰、重復性高的條帶，擴增片段大小都在200-3 700 bp之間，其中360條為多態條帶，總的多態條帶比率為99.4%，每條引物平均多態位點數為22.5（表2）。

圖1 部分樣品的DNA電泳圖

圖2 瓊脂糖凝膠電泳檢測RAPD標記

圖3 36個海帶配子體的UPGMA聚類圖

2.3 遺傳多樣性分析

根據16條RAPD引物擴增所得結果計算海帶種質間的遺傳相似性系數，個體間的遺傳相似性系數變化范圍在0.682-0.978之間，個體之間的親緣關系較近，但也存在一定的差異，總體來看遺傳多樣性較高（表3）。根據RAPD標記數據計算材料間的遺傳相似系數矩陣，采用UPGMA法構建遺傳關系聚類圖（圖3），36個種質資源被聚為若干個類群，

其中每個類群又包括若干亞類。整體上分析，同一品種（品系）的雌雄配子體基本上都聚在較近位置，在相似系數為0.756時，主要分為6個（a-f）類型，其中a類型包括的種質數目最多，有20個，表明這20個種質資源與其他16個之間的親緣關系差異較大。其中11f與12m、12f聚在f分支上；同聚在e分枝的3m與8m、8f親緣關系最近；雖然9m與9f同聚在d分枝上，但兩者的遺傳相似度僅為0.760。

表3 36個海帶配子體的SM 遺傳相似系數表

聚類結果與種質采集的地理分布、長期人工栽培環境等因素具有一定的相關性，由于長期的人工栽培和環境的適應以及人為的干擾，引起某些自身遺傳性狀的改變，使得栽培品種的遺傳差異逐漸變??；所以在育種過程中，若想進行優良品系的選育，要適當選擇遺傳差異較大的種質材料作為育種的親本，將會獲得較好的效果。

3 討論

RAPD、SSR、AFLP和ISSR等分子標記技術被廣泛用于海藻種質資源評價、連鎖圖譜構建及遺傳多樣性分析等領域［20-22］。新型的分子標記SNP雖然有數量上的優勢，但目前若要大批量檢測應用還存在技術和經費的限制；AFLP標記對DNA質量要求很高，且需要進行限制性內切酶切和檢測體系都比較繁瑣；SSR分子標記檢測體系穩定，而本實驗在選擇標記時也曾用過SSR標記，但在所選品系間的多態性較低，不能較好地反映品系間的遺傳多樣性。而RAPD標記具有很大的隨機性，可以覆蓋整個基因組，包括編碼區和非編碼區，可以反映整個基因組的變化，多態性高且操作步驟簡便快速，只需要PCR后用瓊脂糖膠檢測即可反映出結果。雖然RAPD標記也存在不足之處，如穩定性和重復性較弱，對PCR反應條件敏感等。但在本研究預實驗時，對RAPD的反應條件進行了優化，且每個擴增反應均進行了3次重復，在進行條件統計時選取清晰且具有重現性的條帶，在較大程度上保證了結果的準確性。

近年來，RAPD標記技術在陸地植物和藻類學研究中應用都較為廣泛，常被用來進行種群的遺傳變異分析和多樣性評價。Desai等［23］利用RAPD技術對13個不同基因型的竹子品系進行了遺傳多樣性分析；Ma等［24］用RAPD分子標記對黑麥屬的18個品種（系）進行了遺傳關系分析；夏鵬等［25］以“901”海帶為材料進行了RAPD體系的優化；周志剛等［26］應用同功酶和RAPD技術對中國海區不同栽培品系及長海帶的配子體進行了遺傳多樣性分析；He等［27］利用RAPD對海帶資源進行了種質評價。諸多研究中雖然選用的實驗材料不盡相同，但結果均顯示海帶資源具有較高的遺傳多樣性，可見RAPD技術穩定性較好，可用于海帶種質資源評價。

實驗室種質庫選取性狀表現穩定的優良品系進行種質的采集和保存，將雌雄配子體分別保存，可長期保持其優良性狀和純度。本研究選取的這19個海帶品種（品系），有兩個是野生海帶品系（7m，7f），1個榮遠緣-1（3m）和1個利尻海帶（11f），因種質保存時間較長，部分種質材料因自身或外界環境原因導致榮遠緣-1和利尻的配子體只有單雌或單雄配子體。其余的15個品系均為曾經或現在的主要海帶栽培品系，選取的配子體均采自品種或品系育成時，性狀表現整齊、穩定的株系。王秀良等［20］用RAPD的方法對海帶配子體進行分析時發現大多數來源于同一品系的雌雄配子體均不能聚在一起，其分析原因可能是不同品系之間盡管存在表型性狀的差異，但仍屬于同一種，遺傳關系近，所以不同品系的雌雄配子體會聚在一起，另外，來源于同一品系，雌雄配子體是由游孢子萌發而來，在減數分裂的過程中有可能發生基因重組，導致同一品系的雌雄配子體不能聚在一起。但本實驗中這種現象并不明顯，分析結果時發現這19個品系的遺傳多樣性較高，而且同一品系的雌雄配子體大多數都能聚在一起，只有少數幾個品系的雌雄配子體不能完全聚在一起，但親緣關系也比較近，如6f和6m、1f和1m，說明采集配子體的品系個體純度較高，而且在保存的過程中配子體變異率很低。Wang等［16］用ISSR技術對10對海帶配子體進行遺傳多樣性分析，發現同一品系的雌雄配子體基本聚在一支上，與本研究結果一致。

海帶配子體作為種質資源的保存形式，也是雜交海帶育種育苗的重要材料，分離雌雄配子體分別保存可以長期保持其優良性狀和純度，同時也在很大程度上避免了大田孢子體逐代選種和混采混育所導致的種質退化和混雜問題。本研究對種質庫中保存的部分配子體進行遺傳多樣性分析，了解其不同品種（品系）間的親緣關系，為海帶配子體克隆新品種培育時親本的選擇提供指導，加快海帶品種改良進程。

4 結論

利用RAPD分子標記技術對19個海帶品種（系）的36個海帶配子體進行了遺傳多樣性分析。結果表明，可將36個種質材料分為6個大類，同一品系的雌雄配子體大 部分能聚在一起，品系間 遺傳多樣性較高。

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（責任編輯 馬鑫）

RAPD Analysis of Genetic Diversity in Saccharina japonica Germplasm Resources

LI Yan LIU Yan-ling CUI Cui-ju LI Xiao-jie LIANG Guang-jin PENG Jie TIAN Ping-ping
（Shandong Oriental Ocean Sci-tech Co. Ltd.，National Algae and Sea Cucumber Project Technology Research Centre，Key Laboratory of Algae Genetic Breeding and Cultivation Technology of Shandong Province，Yantai 264003）

The genetic diversity of 36 gametophytes of 19 varieties（or lines）of Saccharina japonica was analyzed with RAPD（random amplified polymorphic DNA）markers. Sixteen primers with clear bands were selected out from 100 primers for diversity analysis. These primers amplified 362 DNA bands from 36 gametophytes，and 99.45% of the bands were polymorphic. The genetic similarity of the 36 gametophytes ranged from 0.682-0.978. The 36 gametophytes germplasm were clustered into 6 groups while 0.756 was as the minimum genetic similarity coefficient. The UPGMA cluster results indicated that the male and female gametophyte of the same species were clustered together，and genetic diversity among species was high.

kelp；gametophyte；RAPD；genetic diversity

10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.04.020

2015-07-02

國家科技支撐計劃項目（2012BAD55G01），國家高技術研究發展計劃（“863”計劃）項目（2012AA10A406），煙臺市科技發展計劃項目（2013LGS002）

李言，女，碩士，研究方向：藻類遺傳學；E-mail：liyan-pig@163.com

崔翠菊，女，博士，研究方向：海藻分子生物學和遺傳育種；E-mail：cuicuiju@163.com