首都醫科大學化學生物學與藥學院成立于2004年2月25日,2004年3月12日揭牌。2016年12月,更名為“首都醫科大學藥學院”。藥學院在學校的統一規劃下采用了化學+生物學+基礎醫學+臨床醫學的辦學模式,使學生具備深厚的化學、生物學和醫學的背景,成為能夠從事藥物合成、藥物制劑、藥物檢驗、藥品生產與營銷、新藥研制開發與質量控制、臨床藥學等藥學研究、管理和教學的高級藥學人才。按照現代藥學的學科規范,學院設立了藥物化學系、藥劑學系、藥理學系、化學生物學系、天然藥物學系、臨床藥學系和實驗教學中心等六系一中心。2005年獲批“多肽及小分子藥物”北京市重點實驗室。2006年獲批北京市實驗教學示范中心。2009年獲批教育部“內源式預防藥物教育部工程研究中心”。2014年獲批國家級實驗教學示范中心。2018年獲批教育部虛擬仿真實驗平臺。臨床藥學專業2018年通過教育部專業認證,2019年獲批教育部認證國家一流專業。
學院按照研究型學院的發展思路進行人才梯隊建設,現有專任教師42人,其中正高級職稱11人,占總教師人數的26%;副高級職稱19人,占45%;博士生導師9人,占總人數的21%;碩士生導師19人,占總人數的45%;40人具有博士學位,占總人數的95%。學院教師大多具有博士學位和海外留學經歷。2013年9月四年制藥學專業開始招生。2009年,新增本科專業“五年制臨床藥學專業”開始招生。目前學院在讀學生345人,其中博士研究生9人,碩士研究生60人。學院實施低年級學生導師制,在強調基礎性、綜合性、設計性和先進性的前提下,培養學生創新能力,使畢業生在就業競爭中處于領先位置,為全國各大三甲醫院、藥物研究單位、藥物管理部門、制藥企業和社會藥房培養大量優秀畢業生。研究生教育主要為制藥企業培養高級研發人員,為大學和研究院所輸送中、高級藥學人才。建院以來,畢業生就業率始終保持在97%以上。
學院在學科建設中采取重點發展以優勢學科帶頭人為支撐的優勢學科、優先扶持新興學科的學科建設策略。著力推進在國外知名雜志上發表學術論文及申請國家發明專利。已獲國家973項目1項,國家863青年科學家項目1項;“十一五”重大新藥創制子課題2項;“十二五”重大新藥創制子課題1項;“十三五”重大新藥創制子任務3項;國家自然科學基金39項;北京市自然科學基金32項;北京市科委培育項目1項;北京市教委高校提升計劃項目2項;發表SCI論文241篇,申請發明專利536項(其中獲授權194項),獲北京市科學技術進步二等獎1項。
建院十多年來,始終堅持“小心求證做一流學問,大膽創新育頂尖人才”的建院宗旨。在2016年的國務院學位辦學科評估中,藥學專業排名居國內領先地位。