蘇丹紅Ⅲ對肌紅蛋白的熒光猝滅及分子模擬研究

朱少萍，蔡炳鋒，毛 慧，趙 波,*

蘇丹紅Ⅲ對肌紅蛋白的熒光猝滅及分子模擬研究

朱少萍1，蔡炳鋒2，毛 慧2，趙 波2,*

(1.常州工學院理學院，江蘇 常州 213002；2.江蘇省生物功能材料重點實驗室，南京師范大學化學與材料科學學院，江蘇 南京 210097)

利用熒光光譜結合分子柔性對接模擬技術研究在模擬生理條件下蘇丹紅Ⅲ(Sudan Red Ⅲ)與肌紅蛋白(myoglobin，Mb)的作用機理。結果表明：蘇丹紅Ⅲ對Mb的熒光猝滅作用是由于二者之間形成復合物而導致的靜態猝滅，蘇丹紅Ⅲ與肌紅蛋白的表觀結合常數KA為7.13×103L/mol，結合位點數約為1；蘇丹紅Ⅲ與Mb分子的第一個活性口袋周圍的氨基酸殘基通過疏水作用、親水作用和氫鍵作用結合。蘇丹紅Ⅲ與Mb分子中的Trp、Tyr、Phe等氨基酸殘基之間的疏水相互作用，主要是與Phe33、Phe43 和 Phe138等之間的作用，導致了Mb的內源熒光的靜態猝滅和最大發射峰的無序位移。

蘇丹紅Ⅲ；肌紅蛋白；相互作用；熒光猝滅；分子模擬

蘇丹紅是人工合成的偶氮類工業染料，包括蘇丹紅Ⅰ以及其衍生物蘇丹紅Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ。其中蘇丹紅Ⅲ(Sudan Red Ⅲ)化學名稱為1-[4-(苯基偶氮)苯基]偶氮-2-萘酚，結構如圖1所示。由于蘇丹紅顏色鮮艷、價格低廉，常被一些非法企業用作食品染料。全球多數國家禁用蘇丹紅染料為食品添加劑[1-4]。早在1996年，我國《食品添加劑使用衛生標準》中就明令禁止使用蘇丹紅為食品色素。

圖1 蘇丹紅Ⅲ的分子結構Fig.1 Molecular structure of Sudan redⅢ

IARC將蘇丹紅Ⅲ列為三類致癌物，其初級代謝產物4-氨基偶氮苯被列為二類致癌物[1]，此外，蘇丹紅能造成人體組織缺氧，引起中樞神經系統、心血管系統受損，甚至導致不孕[2-4]，因此控制并檢測食品中的蘇丹紅有非常重要的意義。

蘇丹紅Ⅲ對動物的致突變性和致癌性與其代謝產物苯胺、萘酚的關系已經得到廣泛研究[5-6]， 而蘇丹紅Ⅲ與生物大分子的相互作用研究較少，采用分子模擬與光譜學實驗相結合的手段來研究其與動物體內蛋白質如肌紅蛋白的的作用機理尚未見文獻報道。

肌紅蛋白(myoglobin，Mb)是哺乳動物細胞，尤其是肌細胞貯存和分配氧的蛋白質。肌紅蛋白由一條多肽鏈和一個血紅素輔基構成，含153個氨基酸殘基，由于其結構簡單且具有血紅素類蛋白的生物活性，而成為研究蛋白質與其他分子相互作用的一種重要的模型蛋白[7]。

本實驗基于熒光猝滅的光譜學檢測手段，結合分子柔性對接模擬技術研究蘇丹紅Ⅲ與蛋白質的相互作用的分子機理，這對于揭示蘇丹紅類化合物的毒性-結構關系，實現基于分子結構的毒性預測，得出有類似毒化作用的化合物結構有極其重要的作用。

1 材料與方法

1.1 材料、試劑與儀器

蘇丹紅Ⅲ(Sudan Red Ⅲ，蘇丹紅Ⅲ儲備液是將0.0018g蘇丹紅Ⅲ溶解于無水甲醇中配制，濃度為1.0× 10-4mol/L) 國藥集團化學試劑有限公司；無水甲醇 美國天地公司；馬心肌紅蛋白(Mb，用pH為7.4的Tris(三羥甲基甲烷)-HCl緩沖溶液，配制成1.0×10-5mol/L的儲備液，由于熒光實驗是模擬人體條件下的反應，Tris-HCl 緩沖溶液中含有0.1mol/L NaCl 以維持離子強度，置于冰箱中保存) 美國Sigma公司；其他試劑均為分析純；實驗中用水均為二次去離子水。

Cary Eclipse型熒光光譜儀 美國Varian公司。

1.2 熒光光譜的測定

移取2mL Mb儲備液于1cm 的石英比色皿中，用微量注射器逐次加入不同量的蘇丹紅Ⅲ溶液，每次加入后混合均勻，使得蘇丹紅Ⅲ與Mb的濃度比分別是0、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4，靜置反應完全后，在最大激發波長230nm進行熒光掃描，記錄280～780nm 波長范圍內的熒光光譜。

1.3 分子模擬

結合農林院校的特點發揮農林類院校的專業優勢，使學生在“生態文明”的建設中能掌握生態建設的相關理論與實踐方法，有針對性和差異性的培養學生的涉農、涉林類基礎知識，使學生在個人目標的實現中，突出自身專業優勢和知識結構的差異，形成學生多元的文化基礎。

分子力學與分子動力學模擬采用美國Accelrys公司Discovery Studio 2.0(DS 2.0)軟件包完成，蘇丹紅 Ⅲ 分子的初始結構由軟件包生成，Mb的晶體結構數據來自Brookhaven 蛋白質數據庫(Protein Data Bank Code: 1ymb)[8]，依據軟件程序將Mb中存在的空腔定義為活性口袋，取Mb活性口袋周圍的氨基酸殘基作為對接的受體，用Flexible Docking工具在CHARMm力場的作用下，將蘇丹紅Ⅲ分子作為配體柔性對接到受體Mb中，通過比較對接結果的Libdock Score來獲得最優的蘇丹紅Ⅲ的穩定構象并進行分子模擬。

2 結果與分析

2.1 熒光光譜

圖2 蘇丹紅Ⅲ和Mb混合溶液的熒光發射光譜Fig.2 Fluorescence spectrum of Sudan red Ⅲand Mb at different concentration ratios

由圖2可知，隨著蘇丹紅Ⅲ濃度的增加，Mb在332nm波長處的最大發射峰的形狀沒有變化，而發射峰的強度逐漸降低，表明蘇丹紅Ⅲ使Mb的熒光發生了有規律的猝滅。Mb的內源熒光主要來源于色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)和苯丙氨酸(Phe)殘基。圖2顯示熒光最大發射峰的位置發生了無序位移，這可能是由于Mb在與不同濃度的蘇丹紅Ⅲ結合的過程中，對上述幾種熒光生色團所處的微環境的影響不同，總的宏觀表現是無序的，其光譜性質則表現為熒光最大發射峰的無序位移。

2.2 熒光猝滅機理

熒光物質分子與溶劑分子或其他溶質分子之間發生的，導致熒光強度下降的作用稱為熒光猝滅。對于動態猝滅和靜態猝滅，Stem-Volmer方程為[9-11]：

式中：F0和F分別是未加和加入猝滅劑時的熒光強度；Q為猝滅劑；KS和 KD分別為動態猝滅常數和靜態猝滅常數，忽略式(1)右邊的二次項，則方程變為：

式(2)表明猝滅劑與F0/F之間存在線性關系，式中：KQ=(KS+ KD)，τ0是未加入猝滅劑時熒光分子的平均壽命，生物大分子的τ0約為10-8s[12-14]，Kq為熒光猝滅速率常數。由式(2)可知：

根據圖2和式(2)，做出相應的Stern-Volmer圖(圖3)。

圖3 蘇丹紅Ⅲ與Mb相互作用的Stern-Volmer曲線Fig.3 Stern-Volmer plot for the interaction of Sudan red III and Mb

2.3 蘇丹紅Ⅲ和Mb結合位點數及表觀結合常數

對于因猝滅劑與熒光分子之間的結合引起的靜態熒光猝滅，熒光物質與猝滅劑之間的關系可由式(4)[16]推導出來：

根據圖2和式(4)得到圖4，由直線的斜率和截距可以計算出蘇丹紅Ⅲ和Mb的表觀結合常數KA為7.13× 103L/mol，兩者之間具有較強的相互作用；結合位點數n為0.773，說明蘇丹紅Ⅲ與Mb相互作用時近似形成1:1的復合物。

2.4 分子模擬

圖4 lg[(F0-F)/F]與lg[Q]的線性擬合曲線Fig.4 Fitting plot of lg[(F0－F)/F] vs. lg[Q]

為了進一步從理論上確定蘇丹紅Ⅲ與Mb鍵合的機理和模式，采用分子動力學柔性對接的方法模擬兩者在真空狀態下相互作用的具體結合情況。依據DS2.0軟件包的分析，Mb分子中存在3個活性口袋。將蘇丹紅Ⅲ定義為配體，充分考慮了Mb活性口袋周圍氨基酸殘基的柔性，采用Flexible Docking 模塊與之對接，再采用分子動力學模擬研究對接后的相互作用信息。為模擬人體條件，分子動力學模擬過程中的Solvation計算也增加了補償離子Na+和Cl－。配體蘇丹紅Ⅲ經柔性對接共獲得9種不同構象，以程序中自帶的打分函數所得Libdock Score最高的構象作為最優的蘇丹紅Ⅲ對接構象[17-18]，并以此進一步進行分子動力學模擬。蘇丹紅Ⅲ-Mb復合物的最穩定構型如圖5所示。

圖5 蘇丹紅Ⅲ與Mb的相互作用圖Fig.5 Molecular interaction between Sudan red Ⅲ and Mb

由圖5可知，蘇丹紅Ⅲ與Mb的第一個活性口袋周圍的氨基酸殘基存在氫鍵、疏水、親水等作用。圖5A以線狀模式表示Mb分子的第一個活性口袋周圍的疏水氨基酸殘基，蘇丹紅Ⅲ分子中的苯環和萘環與T r p、Tyr、Phe等氨基酸殘基之間存在疏水相互作用，其中Phe33、Phe43 和 Phe138與蘇丹紅Ⅲ分子中的萘環較接近，產生了對接，這就很好地解釋了Mb內源熒光靜態猝滅且無序位移的實驗結果，揭示了Mb熒光猝滅的分子機理。圖5A以球棒模式表示的是親水氨基酸殘基，共有3個：His64、His93、His97。蘇丹紅Ⅲ分子中萘環上的鄰羥基容易與Mb中親水氨基酸組氨酸(His93)上的五元含氮雜環中的N(E2)之間形成親水作用。此外，蘇丹紅Ⅲ還與極性氨基酸殘基Lys42形成氫鍵作用，該氫鍵的鍵長為2.85A°，鍵角為159.7°。親水作用和氫鍵的形成也加快了電子轉移的速率，穩定了蘇丹紅Ⅲ分子在活性口袋中的位置[19]。

運用Calculate Interaction Energy工具來計算對接之后蘇丹紅Ⅲ-Mb之間的結合能。結果顯示蘇丹紅Ⅲ和Mb相互作用的勢能是－1.702×103kJ/mol，進一步說明蘇丹紅Ⅲ與Mb之間存在很強的相互作用。

3 結 論

實驗結果表明蘇丹紅Ⅲ是較強的猝滅劑，對Mb的內源熒光的猝滅是由于二者之間形成了基態復合物。分子模擬揭示了它們相互作用的分子機理。蘇丹紅Ⅲ在Mb上的結合部位是Site 1活性口袋，蘇丹紅Ⅲ與其周圍的氨基酸殘基發生了疏水作用、親水作用和氫鍵作用。蘇丹紅Ⅲ與Mb分子中的Trp、Tyr、Phe等氨基

酸殘基之間存在疏水相互作用，主要是與Phe33、Phe43和Phe138等之間的作用，導致了Mb的內源熒光的靜態猝滅和最大發射峰的無序位移。

蘇丹紅Ⅲ致畸、致癌、致突變的毒理可能是由于其與生物體蛋白中的某些具體氨基酸殘基發生強烈的作用，致使蛋白質失去原有的活性或發生突變。本實驗采用熒光光譜法結合分子模擬技術研究了模擬生理條件下人工合成工業染料蘇丹紅Ⅲ與肌紅蛋白相互作用的分子機理，確定了其作用位點，揭示了分子水平上它們的精細作用信息，包括蘇丹紅Ⅲ的關鍵基團和蛋白分子的有重要作用的氨基酸殘基。分子模擬技術能提供分子層次的作用情況，彌補實驗手段的不足，對于揭示分子作用機理是一種十分有效的研究手段。這些研究對于揭示食品中的非法染料類添加劑在動物體內的代謝動力學、毒性、毒性與分子結構的關系，并實現基于分子結構的毒性預測，得出有類似毒化作用的化合物結構都有著極其重要的作用。

[1]王偉紅, 閏香君, 童殿軍. 蘇丹紅的理化性質與人體毒性[J]. 實用預防醫學, 2006, 13(6): 1681-1682.

[2]潘志明, 李忠, 王冰, 等. 食品中蘇丹紅檢測研究進展[J]. 世界科技研究與發展, 2007, 29(6): 14 - 18.

[3]李吉平, 高宏偉, 劉文森, 等. 辣椒制品中蘇丹紅Ⅰ～Ⅳ號檢測方法比較研究[J]. 食品研究與開發, 2008, 29(2): 109-111.

[4]鄭紅, 韓鴻萍, 李晶, 等. 蘇丹紅Ⅲ分子印跡聚合物的合成與性能研究[J]. 青海大學學報:自然科學版, 2006, 124(13): 61-64.

[5]宋燕, 李寧. 食品中蘇丹紅的危險性評估[J]. 國外醫學: 衛生學分冊, 2005, 32(3): 129-132.

[6]孫文輝, 高洪, 劉海峰. 蘇丹紅與食品安全[J]. 動物醫學進展, 2008, 29(4): 103-105.

[7]馬靜, 鄭學仿, 唐乾, 等. 光譜法研究Cu2+與肌紅蛋白的相互作用[J]. 高等學?；瘜W學報, 2008, 29(2): 258-263.

[8]WHEELER K E , NOCEK J M, CULL D A, et al. Dynamic docking of cytochrome b5 with myoglobin and alpha-hemoglobin: heme-neutralization squares and the binding of electron-transfer-reactive configurations[J]. J Am Chem Soc, 2007, 129: 3906-3917.

[9]MICHAEL J, PIANA K, ZAHIR O. Investigation of metal ions binding of humic substances using fluorescence emission and synchronous-scan spectroscopy[J]. J Environ Sci Health B, 2000, 35: 87-102.

[10]CHONG Qiujiang, MING Xiagao, XIAN Zhemeng. Study of the interaction between daunorubicin and human serum albumin, and the determinayion of daunorubicin in blood serum samples[J]. Spectrochimica Acta Part A, 2003, 59: 1605-1610

[11]郭艷麗, 閻宏濤, 裴若會. 不同粒徑金納米微粒對熒光素鈉的猝滅效應研究[J]. 光譜學與光譜分析, 2008, 28(2): 380-383.

[12]LAKOWICZ J R, WEBER G. Quenching of protein fluorescence by oxygen detection of structural fluctuations in proteins on the nanosecond time scale[J]. Biochemistry, 1973, 12(21): 4171-4179.

[13]張紅梅, 王彥卿, 張根成, 等. 分子光譜法研究鋁酞菁與牛血紅蛋白的相互作用[J]. 分析試驗室, 2007, 26(3): 119-122.

[14]DU Hong, XIANG Junfeng, ZHANG Yazhou, et al. A spectroscopic and molecular modeling study of sinomenine hydrochloride binding to transferring [J]. Bioorg Med Chem Lett, 2007, 17(6): 1701-1704.

[15]劉媛, 秦川, 侯菲兒, 等. 貝加因黃酮與不同異構體人血清白蛋白相互作用機制研究[J]. 化學學報, 2009, 67(7): 629-636.

[16]王彥卿, 張紅梅, 張朝平. 熒光光譜法研究茶堿與血紅蛋白的相互作用[J]. 化學試劑, 2006, 28(3): 156-158.

[17]WANG Jing, WANG Xi, CHEN Feng, et al. Development of competitive direct ELISA for gossypol analysis[J]. J Agric Food Chem, 2005, 53: 5513-5517.

[18]FUKUNISHI H, TERAMOTO R, TAKADA T, et al. Bootstrap-based consensus scoring method for protein-ligand docking[J]. J Chem Inf Model, 2008, 48(5): 988-996.

[19]ZHAO Guangjiu, LIU Jianyong, ZHOU Lichuan. Site-selective photoinduced electron transfer from alcoholic solvents to the chromophore facilitated by hydrogen bonding: A new fluorescence quenching mechanism [J]. J PhysChem B, 2007, 111(30): 8940-8945.

Effect of Sudan Red III on Fluorescence Quenching of Myoglobin and Molecular Modeling of Their Interaction

ZHU Shao-ping1，CAI Bing-feng2，MAO Hui2，ZHAO Bo2,*
(1. School of Science, Changzhou Institute of Technology, Changzhou 213002, China；2. Jiangsu Key Laboratory of Biofunctional Materials, College of Chemistry and Materials Science, Nanjing Normal University, Nanjing 210097, China)

The molecular interaction mechanism between Sudan red III and myoglobin (Mb) was investigated by fluorescence spectrum combined with molecular modeling under the mimic physiological conditions. Results showed that the fluorescence of Mb was quenched by Sudan red III due to the complex formation between them. This kind of fluorescence quenching was a static quenching. Molecular modeling revealed that Sudan red III could bind to the Site 1 of Mb. Hydrophobic interaction and hydrogen bond formation contribute to the binding of Sudan red III. The hydrophobic interaction and hydrophilic interaction between Sudan red III and Trp, Tyr, Phe residues in Mb resulted in static fluorescence quenching of Mb and disordered displacement of maximum emission peak. These interactions were focused on the residues of Phe33, Phe43 and Phe138 in Mb.

Sudan red III；myoglobin；interaction；fluorescence quenching；molecular modeling

TS202.3

A

1002-6630(2010)21-0165-04

2010-08-02

江蘇省科技廳自然科學基金項目(K2009407)；上海市科委2010年度“科技創新行動計劃”生物醫藥和農業科技領域重點科技攻關項目(10391901800)

朱少萍(1971—)，女，講師，碩士，主要從事有機分析、食品安全預警研究。E-mail：zhushaoping18@163.com

*通信作者：趙波(1969—)，男，教授，博士，主要從事食品安全預警和檢測研究。E-mail：zhaobo@njnu.edu.cn